En 1956, y con Don Luís Mendoza en la presidencia del club, se decide volver a participar en los torneos de Tercera División de Ascenso de AFA. Una vez cumplimentados los trámites de la afiliación, el segundo paso que dio la comisión directiva fue procurar los terrenos para la construcción de la cancha, requisito indispensable para competir en el fútbol oficial, donde haría de local.
La firma Rossi Hnos, cedió de manera gratuita los terrenos ubicados entre las calles Matehu y Almafuerte y en un mes, ya que el certamen comenzaba el 26 de mayo de 1956, con el esfuerzo de simpatizantes y asociados, y haciendo malabares con los escasos recursos económicos con los que contaba el club, se acondicionó el campo de juego, se colocó un alambrado olímpico de tres metros de altura, se construyeron los vestuarios y la casa de los cancheros. De este modo, el 20 de junio Almirante inauguró su estadio.
En su primer año de competencia oficial se consagró campeón de Tercera División de Ascenso (hoy Primera “D”) y subió a la Segunda División de Ascenso (Primera “C”). Después de un nueve años en esa categoría la entidad abandonó la “C” y ganó el título venciendo a Porteño por 2-0, logrando así el ansiado pasaje.
Así permaneció en la Primera “B” que, por mucho tiempo fue la segunda categoría -detrás de la Primera División- del fútbol argentino. En 1986 se produce una reestructuración de los torneos y la AFA incluye una nueva categoría: Nacional “B”. Almirante se quedó un año más en la “B” hasta 1986-1987 cuando asciende al Nacional “B” al superar en la final del Reducido a Villa Dálmine. La vez que más cerca estuvo de subir a Primera División fue al cierre de la temporada 1991-1992 cuando perdió su chance ante San Martín de Tucumán en la serie decisiva (cayó 1-0 de visitante y empató 1-1 en Casanova).
En la temporada 1996 Almirante Brown se vio obligado a disputar una reválida ante Tristán Suárez -rival de la B Metropolitana- la cual ganó y le sirvió para mantener la categoría. Finalmente, en el año 1998, la seguidilla de malos resultados decretó el primer descenso en la historia del Club.
La entidad participó en los torneos de la Primera B Metropolitana hasta el año 2007, campaña en la que se coronó campeón del torneo clausura tras derrotar por 1 a 0 a Central Córdoba en Rosario. Luego, disputó las finales por el ascenso ante Estudiantes (BA) -campeón del apertura- en el estadio de Racing Club. El primer encuentro culminó en empate debiéndose definir el ascenso en la segunda final. Ésta fue suspendida por incidentes y el partido se retomó casi un mes después en el estadio de Sarmiento de Junín a puertas cerradas. Almirante Brown derrotó al 'pincha' por 1 a 0 y logró el ascenso a la máxima categoría del ascenso.
La Institución fue sancionada por los disturbios en la final y debió comenzar el torneo con 18 puntos menos. La campaña fue brillante y el equipo culminó en la tercera posición, pero debido a la quita de puntos se vio obligado a descender de forma directa.
Al año siguiente Almirante volvió a participar de la B Metropolitana hasta que finalmente, dos años después, en el2010, se coronó nuevamente campeón tras vencer a Atlanta por 2 a 1 y así superar en la tabla a Sarmiento, quien era el favorito, ya que había liderado durante la totalidad del certamen, llevándole incluso 12 puntos de ventaja a la escuadra comandada por Blas Giunta.
El regreso a la B Nacional no fue sencillo, pero aún así el equipo matancero cerró buenos campeonatos con importantes participaciones hasta que, en la temporada 2013/2014, otra seguidilla de malos resultados decretaron nuevamente el descenso -el tercero en la historia- tras caer en la última fecha del torneo ante Huracán.
Con Almirante Brown otra vez en la B Metropolitana el presente futbolístico de la institución parecía no tener rumbo. Las malas campañas se sucedían a tal punto de que en la temporada 2017/2018 el equipo peleó por no irse al descenso. Finalmente, el conjunto comandado -nuevamente- por Giunta logró la permanencia en la última fecha ante Villa San Carlos, tras vencerlo por 2 a 1 en el Fragata Sarmiento.
En la temporada 2019/2020 llegarían las buenas. Tras un semestre brillante Almirante se consagró campeón del Torneo Apertura luego de empatar sin goles frente a UAI Urquiza en el estadio Ciudad de Vicente López. Los buenos resultados obtenidos durante la temporada alcanzaron para que el ‘aurinegro’ se corone en la última fecha aún sin ganarle a su rival.
De esta manera Almirante se había asegurado su pase a la final por el primer ascenso frente al ganador del Torneo Clausura, el cual fue suspendido debido a la pandemia del coronavirus.
Varios meses después, el campeonato se reanudó y se decidió que la definición se lleve a cabo mediante la disputa de un hexagonal.
La Fragata revalidó lo que había conseguido antes de la suspensión del fútbol y logró hacerse con el primer puesto de la Zona Campeonato tras vencer por 2 a 1 a Acassuso en Isidro Casanova.
Finalmente, el 27 de Diciembre de 2020, poco más de un año después de la obtención del Apertura y una fecha antes de la finalización del torneo, el aurinegro ascendió a la Primera Nacional sin la necesidad de jugar la final que ya tenía asegurada.
La derrota ante Villa San Carlos por la última fecha fue anecdótica, pues Almirante Brown ya había consumado su retorno a la segunda categoría del fútbol argentino.
